CNS主刊累计49篇，2025年上半年14篇，MERFISH硕果累累！（上）

36 人阅读发布时间：2026-01-14 15:51

CNS主刊累计49篇，2025年上半年14篇，MERFISH硕果累累！

森西赛智科技有限公司

（一）2025年上半年期刊总结

“6个月14篇CNS”！2025年上半年使用MERFISH“超高分辨单细胞原位空间组学分析”技术的顶刊应用文献成果大爆发！

截至2025年6月30日，已累计发表应用文献超过300篇，其中CNS主刊文献已经达到49篇，含子刊累计超过110篇，原位单细胞空转时代正式开启！

表1. 统计表-2025年14篇

表1. 运用MERFISH技术的CNS主刊列表，2025年上半年新增14篇，成果大爆发！

表2. 统计表

表2. 运用MERFISH技术的CNS主刊列表，总计49篇，硕果累累，涵盖神经、表观、发育、免疫、衰老、生信、肿瘤、植物等多个领域，MERFISH技术平台得到了全行业的验证支持。

图14. 文献和用户

图1. MERFISH和MERSCOPE有多篇高水平文献发表。

（二）公众号发文统计

作为Vizgen的中国区战略合作伙伴，森西赛智科技在2025年上半年发布了9篇相关文献解读和技术介绍，总结如下（点击标题可阅读原文）：

1、Nature：MERFISH技术助力空间转录组时钟揭示脑衰老中的细胞邻近效应

美国斯坦福大学的研究者利用MERFISH技术，首次构建了涵盖420万细胞的单细胞分辨率的小鼠大脑衰老全景图谱，横跨小鼠整个成年生命周期，并针对恢复活力的干预措施（锻炼和部分重编程）进行了研究。【1】

图2（Fig 1）

图2. 大脑在整个生命周期中的空间分辨单细胞转录组谱图。【1】

2、Nature Methods：MERSCOPE助力多实例学习模型Spacia的开发：从空间转录组学数据中绘制细胞相互作用图谱

美国德克萨斯大学西南医学中心的研究者开发了名为Spacia的全新的多实例学习模型，利用MERSCOPE等单细胞空间转录组数据中的空间和基因表达信息将细胞信号传输问题转换成为多实例学习问题，实现了在单细胞分辨率下对细胞信号交流的分析与推断。【2】

图3. 在实际数据中验证Spacia：用Spacia分析MERSCOPE得到的前列腺癌数据。【2】

3、MERFISH构建小鼠全脑单细胞转录组后，Allen研究所开年Nature第二弹：揭示大脑衰老的分子密码与空间图谱

美国Allen研究所的研究者整合了多个全脑单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集和MERFISH空间转录组数据，构建了小鼠全脑图谱。MERFISH数据不仅在细胞亚类、超类型和细胞簇的水平上提供了精准的空间注释，还揭示了细胞类型在空间分布上的精细差异和梯度变化。【3】【4】

图3. 小鼠全脑图谱-2

图4. MERFISH单细胞空间转录组解析神经元类型及其在大脑中的分布。【3】

4、Science新作 | MERFISH 揭示细菌基因表达谱，提供空间转录组学应用于微生物感染与宿主免疫的新视角

Vizgen联合创始人Jeffrey Moffitt和他在波士顿儿童医院的团队利用扩展显微镜对MERFISH进行了优化，实现了在单一细菌中同时分析数千个信使RNA。MERFISH还捕获了菌落中细菌分布的空间信息，揭示了空间因素如何影响细菌基因的表达。这使得MERFISH高分辨率空间转录组学的应用更进一步，尤其在细菌样本分析、肠道微生物研究以及微生物感染后的宿主免疫反应研究方面展现了巨大潜力。【5】

图4. 细菌图谱